Spolupráce v rámci Univerzity Palackého
Skupina spolupracuje s dalšími skupinami v rámci Univerzity Palackého na:
- návrhu nových látek (doc. Brulíková, KOCH PřF; prof. Kryštof, doc. Jorda, KEB PřF; prof. Strnad, doc. Novák, LRR PřF),
- účasti v rámci infrastruktury ELIXIR CZ pro biologická data (doc. Hajdúch, doc. Polishchuk, Dr. Vrbková, ÚMTM LF),
- mapové vizualizaci chemických dat (doc. Burian, KGI PřF),
- výběru chemických dat z literatury (Szwiertnia, Prager, Knihovna UP).
Spolupráce mimo UP
Kromě toho spolupracujeme také se skupinami mimo UP, např. v rámci ELIXIR CZ:
- infrastruktura ELIXIR CZ (prof. Vondrášek, prof. Baldrian, MBÚ AV ČR; prof. Matyska, MUNI),
- vizualizace a analýzy struktur proteinů – LiteMol, Mol*, 2Dprots, Overprot, ACCIII, Alphacharges, PDBcharges a PROPTIMUS (prof. Svobodová, Dr. Sehnal, Dr. Raček, Dr. Schindler, CEITEC MUNI),
- interoperabilita chemických dat – IDSM (prof. Vondrášek, Dr. Galgonek, ÚOCHB AV ČR),
- data management – Data Stewardship Wizard (doc. Pergl, ČVUT),
- Alphafoldologie (Dr. Novotný, PřF UK),
- vývoj nových liposomálních nosičů léčiv (prof. Štěpánek, VŠCHT).
Zahraniční spolupráce
- PDBe (Dr. Velankar, Dr. Flemming, EMBL-EBI, UK)
- UniProt, SwissLipids (Boleman, SIB, CH)
- Interoperabilita dat (Willighagen, Maastricht University, NL)
- Advanced in silico drug design workshop series (Dr. Moraca, prof. Catalanotti, UNINA, IT; Dr. Gimeno Vives, U Tarragona, ES; prof. Varnek, U Strasbourg, FR; prof. Senderowicz, Weizmann, IL)
- Membránová permeabilita (prof. Fabre, U Limoges, FR)
Komerční spolupráce
- Zentiva – spolupráce na vývoji liposomálních nosičů v rámci PARC
- TAPI – spolupráce na predikci krystalizace API látek
- Receptor.AI – spolupráce na predikci membránové permeability
